Najważniejszą operacją Watykanu była usługę węgierskim Żydom, kiedy wiosną 1944 roku Niemcy dołączyli do popularnych deportacji. 10 maja 1944 roku spotkał się z Karlem Wolffem. 9 maja 1945 roku, już po podpisaniu niemieckiej kapitulacji, Pius XII wygłosił orędzie, w jakim dziękował za zakończenie konfliktu oraz modlił się w myśli ofiar.